1.抑制壞菌功能：
益生菌的功能中，最受醫學認可的是在腸道中具有可抑制壞菌的作用，以提升人體健康，一般稱為「好菌」。對人體無害的好菌在腸道中的繁殖，會降低壞菌的生存空間，減少壞菌所產生的有毒物質如氨氣等，因此，可增進腸道健康、避免腸道發炎及逐漸產生微小破損。
2.調整腸胃道免疫功能：
益生菌對腸胃道局部免疫功能也有幫助，可減少病原的侵害，改善腸胃道之外的一些過敏問題。而過敏是因為血液中免疫的影響失調所造成，好菌抑制了腸胃道中的壞菌，減少腸胃道發炎破損問題，也避免食物中的大分子因此進入血液，降低過敏反應；好菌使腸胃黏膜的免疫機轉往好的方向發展，免疫因子的傳播，對皮膚癢、鼻子過敏等過敏問題的改善會有幫助。
