1.抑制壞菌功能：
益生菌的功能中，最受醫學認可的是在腸道中具有可抑制壞菌的作用，以提升人體健康，一般稱為「好菌」。對人體無害的好菌在腸道中的繁殖，會降低壞菌的生存空間，減少壞菌所產生的有毒物質如氨氣等，因此，可增進腸道健康、避免腸道發炎及逐漸產生微小破損。
2.調整腸胃道免疫功能：
益生菌對腸胃道局部免疫功能也有幫助，可減少病原的侵害，改善腸胃道之外的一些過敏問題。而過敏是因為血液中免疫的影響失調所造成，好菌抑制了腸胃道中的壞菌，減少腸胃道發炎破損問題，也避免食物中的大分子因此進入血液，降低過敏反應；好菌使腸胃黏膜的免疫機轉往好的方向發展，免疫因子的傳播，對皮膚癢、鼻子過敏等過敏問題的改善會有幫助。
3.消化乳糖功能：
益生菌會消化乳糖及某些種類的纖維質。一些乳糖不耐症患者喝牛奶容易有脹氣、腸胃不舒服等症狀，益生菌可先把乳糖或寡糖分解成小分子，等於把人體難以消化的物質先進一步消化；所以乳糖不耐症的患者喝優酪乳等奶製品比較不會發生腸胃不適等症狀，因為其中所含的益生菌已先降低了奶類本身的乳糖含量，益生菌在腸胃道中生存，又可降低喝其他奶製品時因乳糖產生的不適。
4.益生菌可降低胃幽門螺旋桿菌：
益生菌很容易受到環境的影響而破壞，在人體中是否能存活？何一成表示，一般認為，乳桿菌比較可以在小腸中生存繁殖，而比菲德氏菌比較能在大腸中生存繁殖，但前提是都必須先通過胃酸的考驗。最近的醫學研究發現，胃中仍有少量的益生菌存活，表示部分益生菌仍可通過胃酸的考驗，進入大腸或小腸中繼續生存繁殖，因此醫學上認為，益生菌的功能主要在腸道，而在胃中則也扮演了少量的角色。胃幽門螺旋桿菌容易破壞胃黏膜表層，造成胃發炎等疾病，因此，益生菌對胃幽門螺旋桿菌的影響，也受到關注，何一成表示，有體外試驗等研究發現，某些益生菌可在培養皿中抑制胃幽門螺旋桿菌的生長。後來也有人體試驗發現，雷特氏B菌、乳桿菌等益生菌，有抑制胃幽門螺旋桿菌的作用。其可能的機轉是，益生菌在腸道中釋放免疫調控物質，經血液到胃部，而抑制了胃幽門螺旋桿菌的生長；另外有研究認為仍有少量的益生菌在胃中存活，或許也扮演了一些輔助抑制胃幽門螺旋桿菌生長的角色。
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